長期以來，社會上對微生物肥料的看法存在一些誤解和偏見。一種看法認為它肥效很高，把它當成萬能肥料，甚至揚言可以完全取代化肥;另一種看法則認為它根本不是肥料。其實這兩種都是偏見。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且有化肥達不到的效果。因此，我們認為它是肥料，又與傳統化肥和有機肥在概念和內涵上不同。